Een ‘veiligheidsonderzoek’ wordt gevoerd voordat een veiligheidsmachtiging wordt verleend. Voor militairen en bedrijven die contracten op militair gebied (willen) uitvoeren, wordt dat onderzoek gevoerd door een speciale afdeling van de militaire inlichtingendienst, de Algemene Dienst Inlichtingen en Veiligheid (ADIV). In alle andere situaties wordt het onderzoek toevertrouwd aan speciaal aangewezen ambtenaren van de Veiligheid van de Staat. De duur en de omvang van het veiligheidsonderzoek hangen af van het vereiste veiligheidsniveau (toegang tot vertrouwelijke, geheime of zeer geheime gegevens). Voor een machtiging van het niveau ‘ZEER GEHEIM’ kan het onderzoek tot negen maanden duren.
Om de betrouwbaarheid van de aanvrager te controleren, kunnen de onderzoekers een groot aantal openbare bestanden raadplegen die een beeld geven van de gerechtelijke, administratieve, financiële en sociale situatie van de betrokken persoon. Ze kunnen niet alleen bestaande bestanden raadplegen, maar ook een bijkomend onderzoek uitvoeren (controle sociale media, buurtonderzoek, bevraging van de vorige werkgever enz.).
In sommige gevallen zal ook een onderzoek worden gevoerd naar de partner en andere meerderjarigen die met de aanvrager samenwonen.