Une enquête de sécurité est effectuée préalablement à l'octroi d’une habilitation de sécurité. Pour les militaires et les entreprises qui souhaitent exécuter ou exécutent des contrats dans le domaine militaire, cette enquête est menée par une section spéciale du service de renseignement militaire, le Service Général du Renseignement et de la Sécurité (SGRS). Dans toutes les autres situations, l'enquête est confiée à des agents spécialement désignés à la Sûreté de l'État. La durée et la portée de l'enquête de sécurité dépendent du niveau de sécurité requis (accès à des données confidentielles, secrètes ou très secrètes). Pour une habilitation de niveau TRÈS SECRET, l'enquête peut prendre jusqu’à neuf mois.
Pour vérifier la fiabilité du demandeur, les enquêteurs peuvent consulter une multitude de fichiers publics qui donnent une idée de la situation judiciaire, administrative, financière et sociale de la personne concernée. Ils peuvent non seulement consulter les fichiers existants mais aussi effectuer une enquête complémentaire (contrôle des réseaux sociaux, enquête de voisinage, consultation de l’ancien employeur, etc.).
Dans certains cas, le conjoint et les autres personnes majeures qui cohabitent avec le demandeur pourront également faire l'objet d'une enquête.