A l’issue de l’enquête de sécurité, les agents rédigent un rapport qu’ils transmettent à l’autorité de sécurité qui décidera en définitive de l’octroi ou du refus de l’habilitation de sécurité.
En règle générale, il s’agit de l’Autorité nationale de sécurité (ANS), un service qui est intégré à la Sûreté de l’État.
Lorsque l’habilitation de sécurité concerne une personne qui travaille au sein de la Sûreté de l’État ou pose sa candidature à une fonction au sein de ce service, c’est l’administrateur général de la Sûreté de l’État qui décide d’octroyer ou non l’habilitation. Lorsque la personne concernée relève du ministre de la Défense ou postule à un emploi au sein du ministère de la Défense, cette compétence revient au dirigeant du Service Général du Renseignement et de la Sécurité (SGRS).
L’habilitation de sécurité est en principe valable cinq ans. L’autorité de sécurité peut toutefois limiter la durée de l’habilitation. Avant la fin de cette période, une nouvelle enquête de sécurité sera effectuée si la personne concernée a toujours besoin de l'habilitation.
Il se peut également que le service de renseignement vérifie certains éléments de la vie privée de la personne concernée avant le terme de la période.
Si nécessaire, ce service peut recommander à l’autorité de sécurité de retirer l'habilitation avant la fin de la période ou de la suspendre temporairement dans l'attente d'un complément d'enquête.