Na het onderzoek stellen de ambtenaren een verslag op dat ze naar de veiligheidsoverheid sturen, die definitief beslist over het toekennen of weigeren van de veiligheidsmachtiging. In de regel is dat de Nationale Veiligheidsoverheid (NVO), waarvan het secretariaat deel uitmaakt van de FOD Buitenlandse Zaken. Als de veiligheidsmachtiging echter betrekking heeft op een persoon die werkt binnen de Veiligheid van de Staat of zich kandidaat stelt voor een functie binnen die dienst, beslist de administrateur-generaal van de Veiligheid van de Staat om de machtiging al dan niet te verlenen. Wanneer de betrokkene ressorteert onder de minister van Landsverdediging of solliciteert voor een betrekking bij het ministerie van Landsverdediging is het hoofd van de Algemene Dienst Inlichting en Veiligheid (ADIV) hiervoor bevoegd.

De veiligheidsmachtiging is in principe vijf jaar geldig. De veiligheidsoverheid kan echter de duur van de machtiging beperken. Na die periode zal een nieuw volledig veiligheidsonderzoek worden uitgevoerd. Het is ook mogelijk dat de inlichtingendienst vóór het einde van de periode bepaalde aspecten van het privéleven van de betrokkene controleert. Indien nodig kan deze dienst de veiligheidsoverheid aanbevelen om de machtiging vóór het einde van de periode in te trekken.